秘书处：负责机关日常工作的综合协调和秘书、档案、人事、财务、保卫、保密、老干部、行政管理、后勤服务等工作。负责办公室重要文稿的起草和会议的组织，督促检查会议决议事项的实施；负责机关公文处理、印章管理等工作。

编研处：负责淮安地方党史资料、党史系列专题的征集、整理、编纂、研究工作；协助有关部门审读、审查拟公开发表、出版、展出、播出的涉及这一时期地方党史重点题材的图书、文章、纪念设施、布展陈列。负责对县（区）党史部门党史工作的业务指导。

宣传联络处：负责党史的宣传教育工作；协助有关部门组织有关重要党史事件、重要党史人物纪念活动和党史学术活动；承办全市优秀党史成果和党史工作先进集体、先进个人的评选工作；负责全市党史干部业务培训工作；参与保护和利用革命文化遗产的工作。

资料处：负责淮安地方党史资料的保存、整理、存档以及党史书籍、杂志的订阅、收集等工作。